朱载坖对于六科的看法就是作为大明的子近侍，是皇帝的耳目近臣，也不是阁臣或者其他饶打手。
朱载坖首先规定，六科给事中的选任职能出于皇帝的旨意，任何人或者衙门都不能代替皇帝作出决定，或者向皇帝推荐人选。
六科给事中主要的选取对象就是翰林院的庶吉士们，之所以选择这些庶吉士担任给事中，主要是考虑到这些庶吉士们毕竟还不算官场中人，而且关系也相对简单，再加上翰林院的庶吉士们毕竟是以后朝廷的中坚力量，他们长期不接触实务对于翰林官的成长是不利的。
除了六科由皇帝直接简任之外，什么六科给事中考满之后的任官和贬谪，也都是直接由皇帝的安排的，吏部和内阁无权干涉。
而且朱载坖再次将近侍官不允许和其他官员勾结写进六科则例之中，规定六科都给事症给事中若如外臣交往，以泄露禁中语从严治罪，本人处斩，株连家属。
随即朱载坖将现在六科中的非翰林院出身的给事症都给事中们全部外放，从翰林院中点选庶吉士充任给事中，资深的翰林官担任都给事郑
同时发布任命，王锡爵、申时行升翰林学士知制诰，于内阁上行走，负责草拟诏书敕诰之事，仍兼都给事郑
随着朱载坖制定的各项则例发布，宣告着朱载坖正式开始用自己的想法来治理大明了，之前朱载坖所采取的各种措施，只能算是新政，到了现在，朱载坖才正式拉开了改革的大幕。
朱载坖认为，改革的首先目的，就是要厘清各个衙门的执掌，不能有重叠模糊的地带，除此之外，还要对现有的衙门予以清查，有叠床架屋的要予以裁并，确有需要的，也要予以新设立。
如对于有关军中犯罪的事项，之前主要是有地方各卫的镇抚、五军都督府断事官所管理，这次朱载坖设立卫尉寺，用于专门审判士卒犯罪和军官职务犯罪等事项。
对于厂卫，朱载坖也做流整，原本属于锦衣卫的如驯象、仪仗等事务被移交给御马监，锦衣卫现在只负责皇帝的贴身保卫和缉捕诏狱之事。
厂卫的分工也要做一明晰，东厂主要负责对于朝廷官员、京师各衙门的监督，包括锦衣卫，也在东厂的监督之下，而锦衣卫主要负责查办大案、搜集军事情报、维持军纪，纠察军中各种不法之事。
所以锦衣卫的职权反而是得到了加强，原本一卫的编制显然是不够的，锦衣卫的级别也水涨船高，朱载坖下令，原锦衣卫升格为正二品都指挥使司，锦衣卫也正式改称锦衣都司，除原南北镇抚司、诏狱仍然保留之外，按照五军都督府设立前后中左右五卫，按地域负责对整个大明进行监察。
锦衣前卫，下辖辽东、蓟州、宣府、大同、山西五个千户所。
锦衣后卫，下辖广东、广西、云南、四川、贵州五个千户所。
锦衣左卫，下辖陕西、甘肃、宁夏、延绥、固原五个千户所。
锦衣右卫，下辖浙江、福建、湖广、河南、漕运五个千户所。
锦衣中卫，下辖南直隶、直隶、顺、应、苏松五个千户所。
所在驻地的锦衣千户所对驻地的各种情报都要加以搜集，尤其是事涉谋反、叛逆、贪墨、邪教等事情，直接同时锦衣都司向皇帝陈奏，同时所在地驻军粮饷兵仗、军容士气、军纪法规，也都是由锦衣卫负责，尤其是犯法士卒、军官，游击以下，许锦衣千户即行正法，游击以上，具折陈奏，等候圣裁。
除了厂卫之外，对于宿卫宫禁的系统，朱载坖也予以调整了，原来负责皇帝贴身侍卫和宿卫宫禁的红盔将军、明甲将军、大汉将军、府军前卫带刀官等，统一整编，设立侍卫处，专门负责宫禁宿卫等事，以定国公徐文壁、京卫都指挥使陆绎充领侍卫内大臣。
同时制定了轮番宿卫宫禁的原则，亲军诸卫、京营、御马监四卫营勇士营各抽一部，负责宫廷宿卫，每十五日轮换一次，朱载坖任命英国公张溶、武定侯郭守乾为领宿卫内大臣。
还有就是有关下巡检司的管理，之前从孝宗开始，就大肆裁撤巡检司，朱载坖认为并不可取，这样会削弱朝廷对于地方的控制，巡检司的主要职能是所在地方的盗贼缉捕、治安巡防、震慑甚至镇压寇乱等，对于朝廷控制地方有很大好处。
所以朱载坖要求下各府州县在要害之所、交通要道、土匪横行的地方设立巡检司，同时将巡检司归口到刑部管理，在刑部设立提督巡检衙门，由左侍郎提督之，在各省由按察佥事一人专门负责领导通省巡检司，在府州，同知或者通判负责本府州的巡检司管理，在县由县尉负责巡检司。
而对于巡检司的人手，之前是从地方征调的弓手、民壮充任，现在朱载坖认为这些弓手民壮战斗力实在是太差，而且这种无偿征发来的兵丁实在是没有什么斗志，朱载坖认为要优先安排各地的退伍士卒到巡检司去，而军中的旗、总旗等基层军官，达到一定年限之后，也可以转任地方担任巡检。
朱载坖连续发布多个诏命，涉及到朝廷的方方面面，尤其是官制方面，使得内阁有些不安了，首辅李春芳上疏朱载坖，认为改革动作实在是太大了，百官和朝廷实在是一时之间难以接受，请求朱载坖暂缓推动各项改革措施。
而内阁大学士陈以勤也向朱载坖上书，认为朱载坖不仅要颁布诏书，制定则例，更重要的是要根据颁布的则例重新修订大明会典，陈以勤还建议，趁此机会，要修大明的官方正史。
对于陈以勤的上疏，朱载坖并没有第一时间予以回应，而是开始仔细思考起来陈以勤的用意了。自己这位陈师傅，这个时候怎么提出来修书了。
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