这个索南加措确实不是个简单人物，他在青藏，诸番莫不从其教，即大宝法王及阐化诸王(都是朝廷在西藏封的王)，亦皆俯首称弟子。现在不但在土默特部有崇高的威望，而且在土蛮部的影响也不，图们汗对索南加措也是十分信任，在土蛮部中的很多台吉也是对他俯首帖耳。
所以朱载坖对他很感兴趣，要是能够让他为大明所用的话，那是最好不过的，但是现在他要回到青海去，朱载坖要想再请他恐怕也不太容易，所以朱载坖想将索南加措控制住，为大明所用。
李成梁的办法就比较简单粗暴了，李成梁直接向朱载坖请缨，李成梁认为，自己亲率五千精骑，绝对能够将索南加措从青海带回来，李成梁的话当即就遭到了兵部尚书汪道昆的反对，索南加措可不是一般人，不仅仅在蒙古有崇高的威望，在青藏一样也有崇高的威望，看起来索南加措只不过是一介僧人，但是一旦大明真的动了他，对于大明来，麻烦就大了，不仅是蒙古要作出反应，恐怕连青藏也要乱起来了。
朱载坖当然也知道索南加措的份量，不能轻举妄动，他虽然只是个宗教领袖，但是实力可不，要是大明轻率行事的话，那是要出大事的，汪道昆建议朱载坖持重处理此事，先弄清楚情况再。
这点也得到朱载坖认同，先弄清楚情况再，朱载坖随即命令三边总制方逢时、宣大总督郑洛以及巡视九边大学士张四维、潞国公马芳查探情况，先奏明朝廷再，同时宣大和三边的官军也要时刻准备，严密监视土默特这边的情况。
俺答为索南加措举行了盛大的欢送仪式，许久没有露面的俺答也亲自露面，三娘子亲自送行，同时派遣三千汗帐精锐护送索南加措，准备取道瓦剌，绕过大明，从西域绕回青海。
得知消息的郑洛赶紧以六百里加急飞报朝廷，郑洛认为索南加措实系制虏之要，朝廷务必要将其掌握。
为此，朱载坖召集廷议，商量此事。对于索南加措的重要性，大明朝廷还是有充分的认识的，在控制索南加措的这个问题上，大明朝臣们是一致的，但是就是具体采取的措施，勋臣们普遍支持直接用兵，什么狗屁活佛，活佛他有几个营啊？派遣精骑，将其带来就行了。
但是重臣们显然不支持这么干，虽然看起来索南加措不过是个和尚，但是他在青藏和蒙古都有极大的影响力，在西番，自是西番止知奉此僧，诸番王徒拥虚位，不复能施其号令矣，整个青藏都奉他的法旨，更不要土默特、土蛮等蒙古部落，所以对待他，决不能用兵，一旦刀枪无眼，把这秃驴给弄死了，麻烦就大了，到时候整个西番加上土默特、土蛮都闹腾起来，大明就不好收拾了。
朱载坖也认为李春芳等阁臣们的意见是正确的，虽然他对于什么活佛没有任何兴趣，但是索南加措确实是现在颇有影响力的人物，朱载坖必须慎重对待，决不能轻忽，盲目用兵只会对大明不利。
李春芳建议，先派遣使臣，以朱载坖的名义邀请这位活佛到大明来，若其不来，再想办法，总归是要请他来大明的。朱载坖随即准允了此事，命令宣大总督郑洛派遣使臣立即去请这位活佛到大明来，同时三边总制方逢时整顿兵马，广布哨骑，查探索南加措的行踪，如果他不愿意来，朱载坖只能派遣精骑去请他来京师一趟了。
除了蒙古之外，倭国也不消停，隆庆十一年正月，织田信长在倭国最大的对手上杉谦信猝死，织田信长彻底在倭国没有了对手，现在织田信长在倭国的势力是最强的，大有统一倭国的可能性，而且此贼对于大明极不恭顺，对于之前朱载坖发布的对倭国的贸易禁令不屑一顾。
织田信长是倭国大名中比较重视火器的大名，隆庆九年，在和武田信玄的大战中，为了克服武田家令人畏惧的骑兵冲锋，织田信长下令建造栅栏，并将手持火枪的部队排成三列，进行齐射以打破骑兵的势头。结果是织田信长取得了决定性的胜利，而武田氏则再也没有从这场失败中恢复过来，直到覆灭。
而朱载坖和红夷达成协议之后，红夷商人基本上不在到倭国来了，虽然倭国工匠也会自制一些火器，但是质量是不如西夷的，所以织田信长于是派遣人和佛郎机人取得了联系，和佛郎机人做起了生意，这是朱载坖所不能允许的，织田信长野心勃勃，绝非善类。
在倭国和王直和蒋洲都陈奏此人有枭雄之姿，恐为祸大明，而且王直还陈奏了一件事情，就是上杉谦信死后，因为其无子，他的地盘越后国陷入大乱，但是越后有丰富的金银矿，之前上杉谦信之所以能够和织田信长叫板，就是因为其雄厚的实力，越后有佐渡岛佐和田町的鹤子银山，真野町的三川砂金山，越后南鱼沼郡的上田银山，出产金银，可以图之。
王直还向朱载坖详细介绍了现在越后的情况，由于上杉谦信没有任何儿女，而且他没有妻室， 又收了四名养子。在他死后，他的养子们为了争夺越后国的控制权，他的两名养子上杉景胜和上杉景虎为争夺家督之位，而导致上杉家内战爆发。
现在上杉景虎势弱，王直认为，要是大明能够介入簇的话，就可以控制越后丰富的金银，为大明所用。朱载坖对此确实是很心动的，金银谁不爱啊，可是越后和大明远隔重洋，要想干涉还确实是有些麻烦，不过朱载坖认为，可以先试着接触上杉景虎，他现在处于弱势，大明可以拉他一把，但是他能够给大明带来什么，这是朱载坖关心的问题，大明的投入总要有回报的吧。
所以朱载坖给王直和蒋洲下诏，先和上杉景虎接触，探探他的口风。
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